Ve svých počátcích byl fotbalový oddíl SK Mikulov začleněn do slovácké fotbalové župy, kde hrával převážně s družstvy z Hodonínska okresní soutěž. Kromě SK Mikulov působily ve městě tři německé fotbalové kluby – ASK, Macabi a DSF, který byl nejsilnějším klubem na Mikulovsku a hrával v německém regionu divizi.

Rozvoj české tělovýchovy v Mikulově byl přerušen rokem 1938. Po skončení 2. světové války byla obnovena činnost SK Mikulov a v roce 1949 byl klub přejmenován na Slavoj Mikulov. Jeho hlavním patronem se staly Vinařské závody Mikulov, které do něj investovaly nemalé finanční prostředky a jejichž podpora sehrála klíčovou úlohu při rozvoji organizovaného sportu v Mikulově. Fotbalový oddíl vinařů se díky svým výborným výsledkům dostal až do krajského přeboru.

Počátkem 70. let došlo k přejmenování SK Mikulov na TJ Pálava Mikulov. Fotbalový oddíl společně s oddílem stolních tenistů, plavání a dalšími patřil se svou členskou základnou mezi největší společenské organizace Národní fronty. K osamostatnění fotbalového oddílu od ostatních sportovních oddílů TJ Pálava došlo až v roce 1991. Od té doby začal klub používat současný název FC Pálava Mikulov.

Až do roku 1980 se hrávalo pouze na škvárovém hřišti, poté se díky konání okrskové spartakiády podařilo získat dotaci na vybudování travnatého hřiště. Největším problémem posledních let však byl havarijní stav kabin. Také z tohoto důvodu hrál klub poslední soutěže na výjimku fotbalového svazu a hrozilo, že bude hřiště uzavřeno pokud nedojde k zásadnímu řešení havarijního stavu a mikulovský fotbal zanikne. Díky změnám na Mikulovské radnici a celkovému přístupu zastupitelů bylo možno získat finanční podporu z městského rozpočtu. Dotace, kterou město uvolnilo v roce 2003 a 2004 dosáhla výše téměř 10 milionů korun a zásadně ovlivnila chod celého klubu. Do výkonného výboru bylo kooptováno šest zastupitelů, kteří podstatnou měrou ovlivnili vývoj a orientaci ve vztahu k práci s mládeží, k odbornému vedení a zvyšování kvalifikací trenérů. Cíle, které si vedení klubu staví před sebe nejsou nijak malé a bez významné. Především se soustředit na práci s mládeží, spolupracovat s významnými kluby české kopané, pokračovat v budování a rozvoji stadionu a postoupit do vyšších soutěží na všech úrovních, především pak u mládežnických družstev.